إضطهاد المسيحيين وحلم بناء الخلافة

وإزاء استشهاد الأقباط في ليبيا، جددّ موقفه بالقول: "لقد قُتلوا فقط لأنهم مسيحيون ولأنهم مصريون، ونفتخر بهم لأنهم لم يتخلوا عن دينهم"، كاشفا عن إنشاء لجنة مكلّفة بمراقبة جميع أشكال العنف ضدّ المسيحيين المصريين.
وبشأن اضطهاد المسيحيين في العالم العربي، اعتبر بطريرك الكرازة المرقسية أنّ الاضطهاد هو نتيجة عاملين. أولاً: الكراهية المعلنة للمسيحيين فقط لأن عقيدتَهم مختلفةٌ عن عقيدة الإرهابيين، و ثانياً، فكرُ الجماعات المتطرفة التي تسعى إلى إعادة بناء الخلافة.
كما وسجّل البطريرك موقفا حيال إلقاء المسيحيين المهاجرين في البحر، فأشار الى أنّ من يفعل ذلك يفتقد الى أيّ شعور محبة تجاه الآخر المختلف، مشددا على أنّ أفضل رد على اضطهاد المسيحيين هو التعايش بين المسيحيين والمسلمين، في وطن مشترك كمصر يكون الغفران عنوانه الرئيس، قائلا: إنّ وطنًا من دون كنائس لأفضل من كنائس بلا وطن.